Desa Batukali memiliki akar sejarah dan cerita tutur yang kaya, merentang sejak era penyebaran agama Islam di tanah Jawa. Berdasarkan tradisi lisan dan memori para sesepuh, penamaan "Batukali" setidaknya memiliki kaitan erat dengan sosok tokoh agama kharismatik bernama Datuk Suryopodo (atau Datuk Ampel).
Dikisahkan bahwa Datuk Suryopodo datang ke kawasan ini untuk menyebarkan agama Islam. Beliau mendirikan pusat dakwah di sebuah gundukan tanah yang kelak dinamai "Gumuk Masjid" (terletak di selatan desa, dekat Kali Kretek). Di sekitar lokasi tersebut, tumbuh sebuah pohon raksasa yang kayunya sangat keras (Pohon Lom). Penduduk setempat menjulukinya sebagai "Pohon Batu" yang tumbuh di pinggir sungai (kali). Dari gabungan kata Batu dan Kali inilah, kawasan tersebut akhirnya dinamakan Batukali.
Selain itu, terdapat juga legenda tentang Kyai Stomo dan Nyai Stomi (pembuat meriam Keraton) yang diyakini pernah menetap di kawasan ini. Pada tahun 1953 (di era Petinggi Masrozi), karena wilayah selatan sering terendam banjir parah, terjadilah peristiwa Bedol Deso. Pusat pemerintahan dan pemukiman warga secara massal dipindahkan ke arah utara, yang menjadi pusat Desa Batukali seperti yang kita kenal saat ini.
Desa Batukali merupakan wilayah dataran rendah yang strategis di Kecamatan Kalinyamatan dengan tata letak geografis yang berbatasan langsung dengan beberapa wilayah, yaitu:
Data Statistik Wilayah:
Sebagai pedoman arah kebijakan pembangunan dan pelayanan masyarakat, Pemerintah Desa Batukali memegang teguh Visi dan Misi berikut: